FUNDACIÓ I INICIS DEL MONESTIR: LES PRIMERES MONGES
El 18 de juny de 1015 la comtessa Ermessenda i el seu espòs, el comte Ramon Borrell rebien donació de l’antiga església de San Daniel i dels seus alous a canvi de cent unces d’or. La primera menció del cenobi de Sant Daniel és de tres anys més tard, en un document del 16 de març de 1018 en el qual els comtes donaven a la comunitat tot un seguit de propietats per tal de garantir la seva subsistència.
En els següents anys el monestir va prosperar i va consolidar-se. Es va reconstruir l’antiga església de Sant Daniel i el conjunt d’estances per a la vida comuna. No hi ha dubtes sobre l’adscripció benedictina de Sant Daniel, l’any 1070 consta documentalment el primer esment a la regla monàstica. D’aquests inicis se’n coneixen alguns noms: Bonafilla era abadessa l’any 1028 i Arsenda el 1067.
EL MONESTIR A L'EDAT MITJANA
E ls segles següents van veure créixer el patrimoni del monestir, provinent de donacions, deixes testamentàries i dots de les donzelles filles de la noblesa que professaven al monestir. No era estrany que mares i filles convisquessin al monestir, la filla com a monja i la mare com a devota després d’enviudar. El monestir esdevenia així un lloc per a les dones on consagrar-se a Déu i viure amb altres dones amb diferents lligams, també familiars.
SOTA LA PROTECCIÓ COMTAL I REIAL
Els comtes descendents d’Ermessenda continuaren protegint el monestir de Sant Daniel i en destaca la protecció de la comtessa Mahalta de Pulla-Calàbria. I així ho feren el rei Pere I l’any 1209 qui expedí privilegis pel monestir que foren confirmats pel rei Jaume I, el rei Alfons III, el rei Pere III i el rei Martí I. Des de Roma, també el papa protegí el monestir amb diferents disposicions.
FILLES DE LA NOBLESA
Estava establert des d’antic que totes les monges del monestir havien de ser filles de la noblesa i la majoria provenien de llinatges de les comarques gironines: Palera, Foixà, Cabrera, Cruïlles,... les monges es distingien entre escolanes, novícies i professes que convivien amb donades o devotes i amb serventes.
L’ÈPOCA MODERNA
L’ascendència religiosa i social de la comunitat del Monestir de Sant Daniel continuà al llarg de l’època moderna i ho palesen les invitacions a les monges per participar en actes i cerimònies religioses de la ciutat. La clausura benedictina, abans del concili de Trento, no implicava la prohibició de sortir del monestir sinó que, amb el permís de l’abadessa, en podien sortir per visitar familiars o per participar en determinades celebracions.
Entre els segles XV i XVI es van annexionar al monestir les propietats de tres comunitats femenines que es van extingir en aquell període, es tracta del monestir de Santa Margarida del Prat de Roses, el monestir de Santa Maria del Mar de Calonge i el monestir de Valldemaria de Maçanet de la Selva.
Al llarg dels segles la comunitat es va veure obligada a deixar el monestir diverses vegades de manera provisional i en temps de guerres per raó de la seva ubicació extramurs de la ciutat de Girona.
Durant la Guerra dels Segadors (1640), les monges passaren uns dies a les cases de l'Ardiaconat de l'Empordà, prop de la catedral. Els anys de la Guerra Gran (1793-1795), totes les comunitats de la ciutat hagueren de deixar Girona per ordre del bisbe. En absència de la comunitat, el monestir serví de caserna.
L'octubre de 1795, les monges van retornar a Sant Daniel i van trobar l'edifici parcialment destruït. Durant la Guerra del Francès (1808-1814), la comunitat va haver de refugiar-se de nou a Girona on les monges visqueren els setges de la ciutat.
El dia 13 d’agost de 1855, en execució del procés de desamortització, els funcionaris entraven al monestir de Sant Daniel per tal d’endur-se els documents necessaris per poder confiscar les rendes i propietats del monestir.
La comunitat mantingué la propietat del monestir en una època en la qual es propiciaren els canvis tan socials com econòmics: la majoria de monges abandonaren el vell estil de vida en cases particulars dins de l’edifici i adoptaren la vida comuna.